Pastillas anticonceptivas y flujo marron

Hola mi duda es porq mi novia toma pastillas anticonceptivas hace ya dos años, este mes al iniciar la nueva caja tuvo q tomar amoxidal 500 porq tenia fuerte dolor de garganta, se lo receto el medico, solo tomo una pastilla y no la toma mas, del amoxidal, igualmente durante la toma del antiviotico y despues de varios dias pasados los 7 dias use preservativo, el tema es q mientras iba por casi la tercer fila de pastillas le aparece un flujo marron oscuro q duro hasta hoy, ella esta noche deve empezar a tomar las ultimas 4 pastillas, las blancas. Mi duda es si esto es un embarazo o q puede pasar, le va a bajar la regla despues de haber despedido sangre durante tantos dias si no es embarazo? ayudenme por favor estoy muy asustado.